Ishte viti 1994 kur Urdhri Sovran i Maltës dhe Shqipëria vendosën marrëdhënie diplomatike dypalëshe. Një vit më pas Malteser Albania, korpusi vullnetar i Urdhrit, filloi punën në vend.

Më 10 maj 2011, u nënshkrua marrëveshja postare ndërmjet Shqipërisë dhe Urdhrit Sovran të Maltës gjatë një ceremonie të zhvilluar në Pallatin Magjistral në Romë. Falë kësaj marrëveshjeje u krijua një shërbim i rregullt postar midis të gjithë territorit të Shqipërisë dhe selive ku Urdhri ushtron prerogativat e tij sovrane. Nënshkrues të marrëveshjes ishin Rrok Logu, ambasador i Shqipërisë në Urdhrin e Maltës dhe Gian Luca Chiavari, Marrësi i Thesarit të Përbashkët (Ministri i Financave) i Urdhrit të Maltës.

Më 22 janar 2014, Presidenti i Republikës, SH.T.Z. Bujar Nishani priti Ambasadorin e Urdhrit Sovran Ushtarak të Maltës, SH.T.Z Stefano Palumbo, rezident në Tiranë, i cili dorëzoi Letrat Kredenciale.

Në datën 15 qershor 2016, u nënshkrua një marrëveshje bashkëpunimi nga Zv.Ministrja e Jashtme e Shqipërisë, Odeta Barbullushi dhe nga ambasadori i Urdhrit Sovran të Maltës në Shqipëri, Stefano Palumbo. Qëllimi i marrëveshjes është të forcojë dhe promovojë projektet e spitalit, kujdesit shëndetësor, arsimit dhe reduktimit të rrezikut nga fatkeqësitë e Urdhrit të Maltës në vend.

Më 19-20 Janar 2016, SH.T.Z Mjeshtri i Madh Fra’ Matthew Festing, SH.T.Z Grand Chancellor dhe SH.T.Z the Grand Hospitaller ishin për një vizitë zyrtare në Shqipëri. Fra’ Matthew Festing u prit nga Presidenti i Shqipërisë, Bujar Nishani, kryetari i Kuvendit, Ilir Meta dhe kryeministri Edi Rama. Gjatë takimit, krerët shqiptarë shprehën mirënjohjen e tyre dhe të popullit shqiptar për kontributin e vyer të dhënë nga Organizata Shqiptare e Urdhrit të Maltës në njëzet vitet e fundit dhe vazhdimësinë e tij.

Me rastin e 20 vjetorit të organizimit ndihmës të Urdhrit në Shqipëri, Mjeshtri i Madh Fra’ Matthew Festing, i shoqëruar nga Albrecht Boeselager Kancelari i Madh dhe Dominique de La Rochefoucauld-Montbel Grand Hospitaller, vizituan selinë e Organizatës Shqiptare të Urdhrit të Maltës në Shkodër, në Shqipërinë veriperëndimore, dhe mësuan më shumë. nga projektet dhe aktivitetet e shumta që organizata ka ndërmarrë. Ai u prit nga Presidenti i Organizatës Mons. Lucjan Avgustini, Drejtori Ekzekutiv Maranaj Marku dhe stafi, vullnetarët dhe bashkëpunëtorët e Organizatës.

Më 7 nëntor 2016, Mjeshtri i Madh i Urdhrit Sovran të Maltës Fra’ Matthew Festing, priti në një vizitë zyrtare Presidentin e Republikës së Shqipërisë, Bujar Nishani, në Pallatin Magjistral në Romë.

Më 20 nëntor 2018, Mjeshtri i Madh i Urdhrit Sovran të Maltës Frá Giacomo Dalla Torre del Tempio di Sanguinetto priti një delegacion të kryesuar nga Kryetari i Kuvendit të Republikës së Shqipërisë, zoti Gramoz Ruci.